中国科学家的5K高质量原核生物基因组计划

来源: 天津生物芯片技术有限责任公司   2019-9-3   访问量:675评论(0)

生物是地球上最丰富、最多样的生命形式,它们是所有生态系统的重要组成部分,在医疗健康领域和工业应用领域中发挥着至关重要的作用。微生物基因组学研究在医学上可应用于致病相关基因的鉴定、开发新型抗生素等,而在生物技术上可用于生物降解、酶工业、食品生物以及抗生物质的研究,同时对进化、功能预测等方面也有着重要意义。

由天津生物芯片技术有限责任公司(TBC联合南开大学,中国疾控中心,军事医学科学院、国家海洋局第三海洋研究所、中国科学院南海海洋研究所、食品安全风险评估中心、山东大学、天津科技大学、华东理工大学组成联盟发起了5000个原核微生物完整基因组测序项目(The Prokaryotes 5,000 Complete Genomes Project, P5KCGP)

P5KCGP项目涵盖更广泛的微生物多样性,包括了病原微生物,食品安全微生物,海洋微生物,陆生资源微生物。预计项目完成后至少能够增加500NCBI数据库中没有的微生物基因组完成图。目标是对这5000个原核微生物基因组提交0 gap1Contig的高质量完成图。

P5KCGP项目遇到了哪些挑战?

1)样品采集。平均每个合作单位需要提供400-500株微生物,项目中包含一些自然界中罕见的细菌种属,所以样本的收集需要比较长的时间。

2)控制成本。通过优化建库流程进一步控制测序成本。

3)处理一些难测的样本。对于自然界中多种多样的微生物,有着不同的栖息地甚至生活在极端环境中,参与人员克服基因组中重复区域和高GC区域组装难题针对性地提出解决方案

P5KCGP项目能够为未来的研究工作奠定了什么基础?

比如某一类细菌,在自然界分布非常广泛,那么我们想通过这个测序项目,了解这类微生物的基因组特点是什么?并通过基因组序列去研究它的进化以及环境适应性。另外,一些生活在极端环境下的罕见微生物,往往也具有潜在的工业价值,比如天津生物芯片之前测序过的极端嗜酸甲烷氧化细菌和嗜热脱氮土壤芽孢杆菌就属于这一类。

天津生物芯片 全面优质的微生物科研服务+16年深耕微生物领域

2003年到2019年,天津生物芯片始终秉承“提供基因功能组学研究一站式解决方案“的理念,利用不同测序平台已经完成细菌基因组完成图测序超过1000株,相关研究成果发表在NaturePNASGenome BiologyJournal of Bacteria等权威期刊发表论文超过200篇。

天津生物芯片作为国内首批引入三代基因测序服务单位,现已形成以PacBio单分子测序RSIISequel“双核”平台为中心,积累了数百个PacBio测序项目经验的同时不断寻找PacBio SMRT测序技术在科研中的创新应用,近一步为研究者提供经济高效的微生物基因组学研究的解决方案。



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